La flora terrestre de la cuenca, se caracteriza por la presencia de las siguientes
Comunidades vegetales: Bosque Laurifolio de Valdivia (Cordillera de la costa), Bosque
Caducifolio del sur (Valle central), Bosque laurifolio de los Lagos, Bosque caducifolio mixto valdivia de la cordillera andina (sector precordillera andina), Bosque caducifolio alto andino Húmedo (sector cordillera andina).
Las principales características de estas comunidades vegetacionales son las siguientes:
• Bosque Laurifolio Valdiviano: Se ubica en las alturas medias de ambas vertientes de la cordillera de la costa en el norte de la X región, alcanzando a cubrir una pequeña parte de la XIX Región. En las laderas occidentales de la cordillera llega hasta el nivel del mar. En sus características particulares es reconocible por la presencia destacada en sus comunidades de especies tales como Olivillo y ulmo. Sus características más favorables de temperatura, especialmente estivales, permiten una mayor diversidadflorística y la penetración en las vertientes orientales de especies pertenecientes al bosque caducifolio especialmente aquellas de los bosques de roble. Las comunidades vegetales que se han identificado en esta formación son las siguientes: Olivillo – ulmo (Aextoxicom punctatum – Eucryphia cordifolia), Olivillo Huayún (Aextoxicom punctatum Rhaphithamnus spinosus), Coigue Mañío de hojas largas (Nothofagus dombeyii - Podocarpus saligna), Ulmo- Tineo (Eucryphia cordifolia – Weinmannia trichosperma), Lingue – ulmo (Persea lingue - Eucryphia cordifolia), Huella – Maqui (Corynabutilum vitifolium – Aristotelia chilensis), Calafate – Huayún (Berberis buxifolia Rhaphithamnus spinosus), Junquillo – Quira y (Juncus bufonius – Juncus planifolius).
• Bosque caducifolio del sur: Se extiende al sur del la IX Región ocupando la depresión central sobre un relieve plano o de lomajes morreicos y en las laderas de ambas cordilleras. Dentro de la región ecológica respectiva es una situación más favorable en cuanto a precipitaciones motivo que permite un gran desarrollo de la vida vegetal; ha sido reemplazado casi totalmente por cultivos y praderas, encontrándose sólo en condiciones marginales y en un estado modificado. En su composición florística intervienen muvchas especies típicamente laurifolias: Roble – Laurel (Nothofagus obliqua - Laurelia sempervirens), Roble – Mañío de hojas largas (Nothofagus obliqua-Podocarpus saligna), Olivillo-Laurel (Aextoxicom punctatum - Laurelia sempervirens), Murra – Espinillo (Rubus ulmifolius – Ulex europaeus), Pasto miel – Piojillo (Holcus lanatus – Agrostis tenuis), Mostacilla – Pasto Ovillo (Sisymbrium officinale – Dactylis glomerata).
Llantén – Piojillo (Plantago major – Poa annua), Contrahierba – Plagiobotris ( Gratiola peruviana – Plagiobothrys pratense) y Unquillo – Lotera (Juncus procerus – Lotus corniculatus).
• Bosque caducifolio mixto de la cordillera andina: Bosque de Raulí y Coigue, que se encuentra distribuido en un estrecho piso altitudinal de la cordillera de los Andes. Responde a una situación ambiental más húmeda y fría, con numerosas penetraciones de elementos florísticos laurifolios y en ciertos lugares también de elementos alto-andinos. El paisaje vegetal es calificado de mixto por la abundante participación de especies de hoja perenne que algunas veces llegan incluso a dominar el dosel superior. Las comunidades vegetales que se han identificado en esta formación son las siguientes: Raulí – Coigue (Nothofagus alpina – Nothofagus dombeyii) la cual es acompañada por la siguiente comunidad de sotobosque: Colihue (chusquea coleu), chaura (Guaultheria phyllyreaefolia), leña dura (Maytenus magellanica) y sauco del diablo (Pseudopanax laetevirens).
• Bosque caducifolio alto andino húmedo: Es el límite boreal de la subregión, donde aún existen condiciones de alta precipitación y se presenta una gran transición ecotonal. Es generalmente un paisaje montañoso en que este bosque ocupa el nivel altitudinal superior en las vertientes orientales de la cordillera. Es un bosque típico de altitud. Las comunidades vegetales que se han identificado en esta formación son principalmente la Lenga – Canelillo (Nothofagus pumilio – drymis winterii var. Andina) [Ref. 2.9].
Carlos Ramírez et al (1976), en un extenso trabajo de las plantas acuáticas describe la diversidad de estas especies típicas de la zona, que alcanza su máximo en el río
Valdivia gracias los diversos hábitat acuáticos existentes. También se han realizado estudios de flora acuática en el Santuario río Cruces.
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